Alumni News: Winter 2003

Newsletter for Boston University School of Medicine alumni

Reconstruyendo la red de lazos personales : metodología egocéntrica para investigación sociocéntrica

Este artículo presenta los avances de investigación en un modelo computacional que permite describir una red social observada por medio de encuestas muestrales representativas de sus nodos. El modelo tiene también el objetivo de servir a estimar la fiabilidad de la encuesta así como estimar medidas globales de la red. De esta forma, el trabajo propone un camino alternativo al análisis egocéntrico de datos representativos de redes personales, obteniendo con un modelo de multiagente de simulación un análisis sociocéntrico de la información parcial de una red. La medición que se utiliza como marco de referencia empírico del modelo es la producida por la Encuesta de la Deuda Social Argentina en el año 2006. Esta encuesta se aplica anualmente en 1500 hogares del país sobre una muestra polietápica representativa de adultos en Gran Buenos Aires, Córdoba, Mendoza, Neuquén, Salta, Resistencia y Bahía Blanca.This article introduces the preliminary results of a computational network model research approach. The aim of this model is to help estimating sampling errors of an ongoing personal network survey, as well as to describe the network observed. In this way, it presents an alternative path to the egocentric analysis of representative data of personal networks, using a simulation multiagent model in order to make a sociocentric analysis on partial information of a network. The survey used as empirical reference frame for the model is the Encuesta de la Deuda Social Argentina (2006), which is applied annually to 1500 household along the country, using a multistage representative sample of adults in 7 large Argentinean cities (Gran Buenos Aires, Córdoba, Mendoza, Neuquén, Salta, Resistencia and Bahía Blanca)

La excepcionalidad de la mortalidad en Andalucía: apuntes sobre causas de muerte y descomposición de la esperanza de vida

La supervivencia de la población española ha aumentado extraordinariamente en las últimas décadas y, con ello, también lo ha hecho su esperanza de vida. Ahora bien, esta tendencia ha sido desigual por comunidades autónomas y provincias. Estudios previos (Benach y Martínez 2013; Ruiz y Viciana 2004; Ruiz, Blanes y Viciana 1997, por citar algunos) han puesto de manifiesto que la comunidad autónoma de Andalucía, y en especial áreas del suroeste español (Huelva, Sevilla y Cádiz), tienen una mortalidad sensiblemente superior a la del resto de España. Muchas de las causas nos son aún desconocidas. Este trabajo tiene dos objetivos para el período 2005-2014. Primero,actualizar las tendencias de mortalidad y esperanza de vida entre Andalucía y el resto de España. Segundo, explicar en términos etarios y epidemiológicos esas potenciales desigualdades territoriales.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Buscando el Sur: migración, fecundidad y envejecimiento. El caso de Chile

La integración y los impactos demográficos de las migraciones internacionales sur-sur, pese a su creciente relevancia, apenas han sido estudiados en la literatura. Chile se encuentra en la actualidad, al igual que sus vecinos del Cono Sur, en una fase avanzada de la transición demográfica, con un aumento progresivo del envejecimiento y una dispar dinámica migratoria. Tras ser país receptor de importantes flujos de inmigrantes hasta mediados del siglo XX, en las últimas décadas se compaginan movimientos emigratorios hacia el “norte” y significativos flujos de inmigración económica provenientes de los países vecinos del “sur”, especialmente Perú. El objetivo de este trabajo es conocer hasta qué punto puede la migración internacional sur-sur ralentizar el proceso de envejecimiento de la población chilena. Se estudian las interrelaciones entre envejecimiento, fecundidad y migraciones internacionales, comparando los flujos Sur-Sur y los Sur-Norte originarios de Sudamérica y con destino a España.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Nidificación inusual del Loro Barranquero (Cyanoliseus patagonus) en cavidades naturales de árboles

The Burrowing Parrot Cyanoliseus patagonus is known to breed in burrows mostly on cliffs and ravines in arid or semi‐arid regions of Argentina and Chile. However, during a tree cavity monitoring project we confirmed at least two active nests in tree cavities. Cavity entrances were located between 3.1 and 5.3 m above the ground in live caldén (Prosopis caldenia) trees, Parque Luro, province of La Pampa, Argentina. One nest failed while the other one successfully produced three fledglings. The absence of cliffs and scarcity of ravines in the region, and the presence of a nesting colony of the Blue‐crowned Parakeet (Thectocercus acuticaudatus) in the site may have promoted the adop‐ tion of this new nesting substrate for the species.El Loro Barranquero (Cyanoliseus patagonus) nidifica mayoritariamente en cavidades en barrancos y acantilados en regiones áridas y semiáridas de Argentina y Chile. Sin embargo, durante un proyecto de monitoreo de cavidades en árboles, confirmamos al menos dos nidos activos de Loro Barranquero. La entrada de las cavidades estuvo localizada entre 3.1 y 5.3 m de altura en árboles vivos de caldén (Prosopis caldenia), en Parque Luro, provincia de La Pampa, Argentina. Un nido fracasó mientras que el otro tuvo éxito produciendo tres volantones. La escasez de barrancos y la presencia de una colonia de nidificación de Calancate Común (Thectocercus acuticaudatus) en el sitio, podrían haber favorecido la adopción de este nuevo sustrato de nidificación para la especie.Fil: López, Fernando Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa; Argentina. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Ciencia Exactas y Naturales. Departamento de Recursos Naturales. Centro para el Estudio y Conservación de Aves Rapaces; ArgentinaFil: Grande, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa; Argentina. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Ciencia Exactas y Naturales. Departamento de Recursos Naturales. Centro para el Estudio y Conservación de Aves Rapaces; ArgentinaFil: Berkunsky, Igor. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto Multidisciplinario de Ecosistemas y Desarrollo Sustentable; ArgentinaFil: Santillán, Miguel Angel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Museo de Historia Natural de La Pampa; ArgentinaFil: Rebollo, María Emilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa; Argentina. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Ciencia Exactas y Naturales. Departamento de Recursos Naturales. Centro para el Estudio y Conservación de Aves Rapaces; Argentin

Analysis of hypervariable DNA sequences by NGS technologies: QuasiFlow

The development of Next Generation Sequencing (NGS) technologies has allowed deep characterization of highly variable sequences such as viral or mitochondrial genomes. With respect to RNA and ssDNA viruses, their low replication fidelity generates viral populations consisting of complex mutant spectra termed viral quasispecies. Their study is of special interest as they can be considered a phenotypic reservoir1. Similarly, heteroplasmy of human mitochondrial genomes, in which different sequences are found within a single individual, might have important clinical consequences. For the analysis of the mutant spectrum of such hypervariable sequences from NGS data, we have developed QuasiFlow, a workflow designed in AutoFlow2 that uses Illumina reads. QuasiFlow provides information about DNA variability, such as SNPs, indels and recombination events (Figure 1). Furthermore, it allows haplotype reconstruction of viral quasispecies and characterization of its diversity through normalized Shannon index, nucleotide diversity and mutation networks. Quasiflow performs also a comparative study among samples, based on correlation, ANOVA and PCA analysis, in order to determine which parameters are affected by the experiment and how the samples behave according to their biological origin. In this work, we have applied QuasiFlow to analyze the population structure of the begomovirus Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) infectious clone inoculated in Arabidopsis thaliana plants, using HiSeq or MiSeq reads. Their analysis allowed detection of minor quasispecies variants with a frequency of 10-4 to 10-5 and reconstructed the haplotypes present in the sample. In addition, QuasiFlow was used to discover variants and recombinants in mixed infections of tomato plants. These results show the fast generation of recombinant genomes in geminivirus mixed infections and demonstrate the potential of QuasiFlow for the analysis of mutant spectra using Illumina MiSeq sequencing data. We have extended the use of QuasiFlow to the analysis of highly variable sequences such as the mitochondrial DNA. For that, we have analyzed DNA Illumina Miseq reads from 47 human mitochondrial samples from different cell lines obtained from the NCBI SRA database. Quasiflow generated automatically SNPs, SNP frequencies, indels and analyzed up to 23 variables using PCA analysis and performed an hierarchical clustering of the samples. Our analysis was able to detect pathological variants presented in a frequency lower than 1%.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech. This research was funded by Junta de Andalucía and EU through the ERDF 2014-2020, Projects P10-CVI-6075 to M. G.C. and P10-CVI-6561 to A.G-P

Foeniculum sanguineum Triano y A. Pujadas (Apiaceae) nueva especie del suroeste de la Región Mediterránea

Foeniculum sanguineum Triano & A. Pujadas, sp. nov., from the south western Mediterranean Region (Spain & Morocco) is described. Its characterization and a comparative study with the related species Foeniculum vulgare Mill., has been carried out through morphological, cytological, chemical and molecular analysis. F. sanguineum is distinguished primarily for its red petals, pink pollen in fresh, and red stylopod. It is a diploid species (2n= 22). A high proportion of limonene and piperitenone oxide (absent in F. vulgare) has been found in the essential oil composition of the dry fruits of F. sanguineum and a high amount (about 50 %) of α-phellandrene in its roots and stems. Phylogenetic analyses were performed using the internal transcribed spacer sequences of nuclear ribosomal DNA (ITS) and the chloroplast rbcL gene sequences. ITS analysis supports the existence of the new species, while revealing sequence divergence both at the intraspecific and at the interspecific levels. A Single-nucleotide-polymorphism (SNP) sequence divergence found in the slow evolving chloroplast gene provided additional support for the novel species characterization, for which the name Foeniculum sanguineum is proposed

Weather and agricultural intensification determine the breeding performance of a small generalist predator

Land-use changes due to agricultural intensification and climatic factors can affect avian reproduction. We use a top predator of agroecosystems, the American kestrel (Falco sparverius) breeding in nest boxes in Central Argentina as a study subject to identify if these two drivers interact to affect birds breeding. We analyzed their breeding performance across a gradient of agricultural intensification from native forest, traditional farmland to intensive farmland. The surface devoted to soybean was used as a proxy of agriculture intensification; however, it did not affect the breeding performance of American kestrels. Even though the presence of pastures was important to determine the probability of breeding successfully. Climatic variables had strong effects on the species breeding timing, on the number of nestlings raised by breeding pairs and on the probability of those pairs to breed successfully (raising at least one fledgling). Our results highlight the relevance of pastures and grasslands for American kestrel reproduction. These environments are the most affected by land-use change to intensive agriculture, being transformed into fully agricultural lands mostly devoted to soybean production. Therefore, future expansion of intensive agriculture may negatively affect the average reproductive parameters of American Kestrels, at least at a regional scale. Further research will be needed to disentangle the mechanisms by which weather variables affect kestrel breeding parameters.Fil: Orozco Valor, Paula Maiten. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa; Argentina. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Ciencia Exactas y Naturales. Departamento de Recursos Naturales. Centro para el Estudio y Conservación de Aves Rapaces; ArgentinaFil: Grande, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ciencias de la Tierra y Ambientales de La Pampa; Argentin

Lenguajes culturales de evangelización: Presentación

Presentación de la parte monográfica en la que se insiste sobre el carácter universal de los lenguajes culturales asentados en la evangelización. Los estudios sobre el lenguaje de la evangelización como espacios de comunicación y expresión de la belleza son una respuesta intelectual al desafío evangelizador propuesto por el papa Francisco en la exhortación apostólica "Evangelii gaudium". Desde la experiencia de Extremadura y la Península Ibérica se muestra el equilibrio entre la Iglesia particular y la Iglesia universal.This paper is a presentation of the monographic studies on the universal character of cultural languages used in evangelization. The studies on evangelisation languages such as communication spaces and beauty expression are proposed as answer to the pope Francis challenges in apostolic exhortation "Evangelii gaudium". The equilibrium between particular Church and universal Church is presented from Extremadurian and Iberian experience.peerReviewe